西藏自治区疾病预防控制中心成立于2004年1月18日，是基于原西藏自治区卫生防疫站的公益性事业单位，隶属于西藏自治区卫生健康委员会。该中心负责全区传染性疾病、慢性非传染性疾病、学生常见病、病媒生物传播疾病与控制、突发公共卫生事件处置和疫情报告与信息管理；此外，还负责食品卫生、环境卫生饮用水监测以及职业卫生等健康危害因素的监测，并承担自治区重大政治、经济、社会活动的公共卫生保障等任务。